Bunun üzerine yeniden yapılan yargılamada mahkeme heyeti 23 Mayıs 2008 tarihinde Erdal Nayır’ın öldürülmesi eylemine ilişkin yargılanan sanıklardan Alaattin Öget’i eski TCK’nın 125. maddesi uyarınca ”Devletin hakimiyeti altındaki toprakların bir kısmını devlet idaresinden ayırmaya matuf eylemde bulunmak” suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırdı. Yine aynı olaya ilişkin yargılanan İsa Kaya’nın, aynı suçtan müebbet hapisle cezalandırılmasına karar veren mahkeme heyeti, Kadriye Kübra Sevgi, Heval Öztürk ile Abdülmecit Öztürk’e, ”Yasa dışı örgüte üyesi olmak” suçundan 12,5’ar yıl, Maşallah Yağan’ı da Küçükyalı İdealtepe’deki bir parka bomba koyduğu gerekçesiyle 6 yıl 8 ay hapisle cezalandırdı. Mahkeme heyeti, Mısır Çarşısı’ndaki patlamaya bombanın mı yoksa LPG’nin mi neden olduğunun kesin tespiti yapılamadığı için diğer sanıklardan sosyolog Pınar Selek ve Abdülmecit Öztürk’ün bu suçtan beraatına hükmetti. Selek’in eylemlerinin ”Yasa dışı örgüte yardım ve yataklık etmek” kapsamında kaldığını kaydeden mahkeme heyeti, Selek ve aynı suçtan yargılanan diğer sanıklar Suat Kayak, Erkan Öget, Menderes Öget, Alican Öget, Hasan Kılıçdoğan, Delibaş Arat, Ercan Alır ve Baran Öztürk hakkında, ”Yasa dışı örgüte üye olmak ve yardım yataklık etmek” suçlarından açılan kamu davasını zaman aşımı nedeniyle ortadan kaldırdı. ‘BOMBAYI SELEK VE ÖZTÜRK KOYDU’
Yerel mahkemenin hükmünü inceleyen Yargıtay 9. Ceza Dairesi 10 Mart 2009 tarihli kararında, Pınar Selek’in ”Sosyolojik araştırma yapma” adı altında silahlı terör örgütü üyeleri ile irtibata geçip Fransa ve Romanya’ya gittiği, siyasi eğitim ve kod adı aldığı, İstanbul’da ”Azat” kod adlı örgüt mensubu ile irtibat kurup bomba imal ettiği, diğer sanık Abdülmecit Öztürk ile beraber Mısır Çarsısı’na bomba koyduğu belirtildi. Pınar Selek, Abdülmecit Öztürk, Heval Öztürk ve Kadriye Kübra Sevgi’nin eylemlerinin müebbet ağır hapis cezası öngören eski TCK’nın 125. maddesinde tanımlanan suçu oluşturacağı, hukuki durumlarının buna göre takdir ve tayini gerektiği gözetilmeden suç vasfında ve delil değerlendirmesinde yanılgıya düşülerek hüküm kurulduğu belirtilen kararda, Maşallah Yağan’ın da bomba koyma eylemi bir bütün olarak değerlendirildiğinde TCK’nın 174. maddesi kapsamında kaldığı, ancak sanık hakkında 170. maddeden hüküm kurulduğuna yer verildi. Kararda, belirtilen nedenlerle Pınar Selek, Abdülmecit Öztürk, Heval Öztürk, Kadriye Kübra Sevgi ve Maşallah Yağan hakkındaki hükmün bozulduğu kaydedildi. BAŞSAVCILIĞIN İTİRAZI REDDİLDİ
Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığı ise Daire’nin bu kararına Pınar Selek ve Abdülmecit Öztürk açısından itiraz etti. Başsavcılığın itirazında, diğer sanık Abdülmecit Öztürk’ün, polis ifadesini kabul etmemesi üzerine alınan ek ifadesinde, eylemi Pınar’la birlikte gerçekleştirdiklerini söylediği, sanık Öztürk’ün bu şekildeki ifadelerinin yan delillerle desteklenmedikçe bir ”ikrar” olarak kabul edilemeyeceği belirtildi. İtiraz başvurusunda, patlamanın bir bomba nedeniyle olup olmadığının maddi bulgularla ve bilimsel olarak kanıtlanamadığı, olay yerine ilk giden bomba imha uzmanlarının tutanaklarında ve raporlarında bombaya dair bir bulguya rastlanılmadığının belirtildiği, dosya içerisinde bu ve buna benzer çok sayıda değerlendirme ve bilirkişi raporlarının bulunduğu, bütün bu raporlar göz önüne alındığında patlamanın nedeninin tam olarak tespit edilemediği kaydedildi. Başsavcılık, bu nedenle İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi’nin beraat kararının yerinde ve doğru olduğunu savunarak, Yargıtay 9. Ceza Dairesi’nin bozma kararının kaldırılmasını istedi. Başsavcılığın itirazını reddeden Yargıtay Ceza Genel Kurulu, 9. Daire’nin bozma kararının yerinde olduğuna hükmetti.