İktidar ortağı oldukları süreci, iktisadî, siyasî ve terör sorunu açısından ‘akıl almaz bir dönem’ olarak tanımlayan Karayalçın, “Faili meçhullerin olması, o ülkede hükümetin olmaması demektir. Size emanet edilmiş bu ülkenin yurttaşları öldürülüyor. Hukuka, topluma ve kendi vicdanınıza karşı ciddi bir rahatsızlık yaşıyorsunuz” diyor.Murat Karayalçın, başbakan yardımcısı olduğu dönemde, JİTEM ismini özellikle basından duyduğunu ve bu yapıyı, dönemin Genelkurmay Başkanı Doğan Güreş’in bulunduğu ortamlarda da gündeme getirdiğini söylüyor. Ancak bunun sonucunda yaşadığı hayal kırıklığını şöyle anlatıyor:BANA HEP JİTEM’İN OLMADIĞI SÖYLENDİ”JİTEM’in peşinde oldum. Bu yapının ne olduğunun ortaya çıkarılması için, hükümette kendi olanaklarım çerçevesinde çaba harcadım. Ben bu devletin başbakan yardımcısıyım. Sayın cumhurbaşkanıyla, başbakanla ve komutanlarla bunun ne olduğu konusunda görüşmelerim ve sorularım oluyordu. Bana hep JİTEM’in olmadığı söylendi. İsim isim hatırlamıyorum ama dönemin Genelkurmay Başkanı Doğan Güreş de bunu söyleyenlerden bir tanesiydi. Kendisi doğrudan ifade etmemiş olsa bile, bu bana söylendiğinde o da oradaydı.”1994 yazında Tunceli Ovacık’ta çıkan çatışmalarda 11 köyün boşaltıldığı olaylarda ve Diyarbakır’ın bir köyünde yaşanan çatışmanın ardından bizzat bölgeye gittiğinde de bunu yaşamış:KÖY BOŞALTMA ÖRNEĞİ”Köy boşaltma olayında Tunceli’ye gittim. Tunceli valisi, Tunceli garnizon komutanı, emniyet müdürü oradaydı. Bana; bir çatışmanın olduğunu, o alanda yaşayan yurttaşlarımızın da bölgelerini terk etmek istediklerini, orada yaşamak istemediklerini, bununla ilgili dilekçe verdiklerini söylemişlerdi. ‘Gitmeyin, size tepki gösterirler’ demelerine rağmen Ovacık’a gittim. Çok büyük bir kalabalık vardı ve tepki de gösterdiler. Dedim ki:’Kafamı kesseniz ben buradan gitmem. Olayları öğrenmeye geldim. Sizi dinleyeceğim.’ Onların verdikleri bilgiyle validen gelen bilginin farklı olduğunu gördüm. Bunu sadece bu olayda görmedim. Diyarbakır’da bir olayı yaşadım. Sanırım, bir köye yapılan faili meçhul bir saldırıydı. Ben olayı öğrendikten sonra ilgililerden aldığım bilgiyi arkadaşlarıma ve basına aktardım. Ama daha sonra onun öyle olmadığını başka birtakım kanallarla öğrendim. Yanlış bilgi verdiğimi, bu nedenle de özür dilediğimi ifade ettim. Bana verilen bilgiyle daha sonra öğrendiğim gerçekler arasında farklılıklar vardı. Ve o dönemde başbakan yardımcısıydım.” (Kaynak: Zaman)